在留证明已下如何办理签证？
首先，对于题主的问题，建议把在留资格和“在留证明”分别进行区分 日本的“在留资格认定书”(以下简称：在留资格)是学生向日本大使馆或领事馆申请留学签证时所必须的证明材料，是由日本相关部门批准、对留学者进行资格认定的文件；而“在留卡”则是留学者在入学(就任职务等)后必须办理的日本长期居住资格的证明。
由于日本各大学都拥有独立的法人资格，所以在留学生取得学校颁发的“入学许可书”之后，便会由所在学校的法务部门负责向所属的法务局申请发放“在留资格”。当留学生从法务局拿到这份“在留资格认定书”并保存好以后，便可以在国内申请赴日留学签证了;而在留学生到达日本后，为了办理住民票及国民健康保险等各种手续，就必须先办理“在留卡”。
所以，通常情况下的流程应该是这样的——在获得“在留资格”后向日本驻华使馆或领事馆申请留学签证→在签证成功后赴日→入境后换取正式的在留卡 在留卡 注：“在留资格认定书”的有效期限一般为3个月到1年不等，以认定书上的标注时间为准。
题主现在最应该关心的是自己在“在留资格认定书”上标注的有效期限内能否拿到有效的在留卡。 如果可以的话，那么在拿到的当天就可以开始准备材料去大使馆/领事馆申请留学签证了，然后就是在留学签证获批的前提下赴日进行后续手续的办理了（注意！这里说的是“在留学签证获批的前提下”）
如果不行……那就只有两种可能了：第一种是在留资格被撤销(这种概率很小，几乎不会发生);第二种就是日本政府延期发放新的在留资格了(一般情况下的理由有以下三个：1.因为3月11日的东日本大地震导致各地法务局的办公设施受损，因此无法正常工作2.法务省正在对各地的法务局进行检查整顿以便能恢复正常运营3.法务省的官员认为目前发放大量的在留资格会给今后的管理带来困难等等)(这种可能性很大）
另外，如果真的是第二种情况的话那么即使题主拿到了在留资格，也很有可能无法顺利申办护照以及获取有效签证，到时候就只能干瞪眼了…… 关于这个，我还真知道一个真实案例：有一个北京某高校的大四学生，他在今年4月初拿到了自己的在留资格认定书但迟迟拿不到在留资格正副本，于是便给日本驻北京总领事馆发去了邮件询问，结果对方的回复竟然是——“您所在的地区法务局目前正在调整阶段，我们无法提供任何帮助……”
还是希望题主能够尽快联系到当初办理留学事宜的中介公司或者是负责自己学校留学事务的老师帮忙确认一下自己手上这份“在留资格认定书”的有效期限吧~