生物工程在理工科院校的工程学院或者医学院下设为独立的系,比如加州大学圣地亚哥分校(UCSD)、凯斯西储大学、塔夫茨大学、华盛顿大学(Washington University in St.Louis)、俄亥俄州立大学等;在文理型院校或者小型理工学院一般被设在生物学系或者工程系之下,比如波莫纳学院(Pomona College)、贝勒大学(Baylor University)等;还有些医学院或者牙科学院中也会设置一些生物医学相关的硕士或者博士项目,比如纽约州立大学上州医科大学(Upstate Medical University)的神经科学博士项目,迈阿密大学(University of Miami)的整形外科和重建医学、复健医学和生物医学工程硕士项目,纽约大学Langone医学院的解剖学和细胞生物学博士项目以及纽约大学牙科学院的牙周和生物医学科学博士生项目。