日本有哪个大学最好的？
只了解理工科大学，以理工科专业为例讨论一下最好的问题。 首先明确一点，日本没有像中国一样把学校分成985/211这样的分类，所以谈论什么“某校是第几档”是没有什么意义的。 但人们还是习惯于用类似731这种极端的例子来代表一个学校的最高水平（因为日本是个学历社会，一个人本科毕业的学校常被用来作为评价这个人智力水平的依据）；另外也常看排名，比如世界大学排名、QS亚洲大学排名等。这些对于理工科大学来讲都是比较合理的做法。我在这边仅以这两个典型例子来说明一般情况下的“最佳”选择是怎么样的。但需要注意的是，这两所都属于特殊的一类，即所谓“帝大”（东京大学和京都大学都在帝大的范畴里）——日本全国总共只有七所“帝大”。
以理工科大学为对象进行排名的话，按照历史传统，东大和京大几乎是不可能跌出前两名（毕竟“帝大”的名号就是这么来的），然后其他学校则根据每所学校在某个时间段的排名情况而定。下面列举几个常见的排行榜（注：这里只列举了能搜到国内翻译文件的排名；由于很多学校排名变化不大，因此不必纠结于某个年份的排名，一般来说整个帝大范围内的学校变动都不太大)： 每个榜单上东京大学都是毫无疑问的第一名，而第二名的位置则是京都大学和大阪大学这两个帝大之间轮流坐庄（偶尔会被筑波大学抢去）。
除了上述两个超级旗舰校之外，其他的大学由于排行总是徘徊在5-10名的区间内，所以经常会被混为一谈。但实际上每个学校都有自己的强项科目，有的时候甚至一个学校只能有一个学科上榜。这也就意味着要想选一个“最好的学校”就必须得看这个学校是否跟自己最对口的学科在一个很高的水准上。 以理学部为例，东大的化学是最强的（也是所有工学院里最强的），但是物理方面却比不过京都大学（顺便提一句，京都大学的物理学是唯一一个进入top50的学科，可见其强势之处）。而大阪大学的数学是很强的，但是理论工学却不如名古屋大学。这样以来，如果学生A想学光学，那么他(她)应该会优先选择京都大学而不是大阪大学……同样，学生B想学习量子力学，那他(她)肯定首选东京大学而不太可能去选择东北大学。
简言之，如果要论最优选择，那就需要先给自己定好位（想学的具体专业方向），然后再来挑选合适自己的学校。 当然，有人可能会说文科专业怎么讨论这些呢？确实，文学也好，法学也罢，跟理工科的情况不同（至少在考核标准上是有着本质的区别的）。但是，所有的学校都是分门别类地招收学生的，换句话说也就是先有专业（学科）上分门别类的学生群体，再有对应的学校设置。从这个角度上来说，所谓的“最好的学校”其实也就是对应着自己最对口的学科的某个学校而已。