研究生学校和本科学校吗？
个人感觉，读研后，除了室友和几个关系特别好的同学，其他同学间的关系远没有大学亲密，可能我这个人比较重感情吧。 读博期间认识了一个非常好的女博士，因为我是直博所以比她早来一年，平时一起吃饭一起学习，她性格比较大大咧咧没心没肺，但我总能感受到她对我的关心（她经常让着我让我先选吃的）。因为我比较内向而且刚来到一个新的环境所以没有交到像她一样好的朋友，只是跟实验室的同学相处还算融洽。
但是读博这几年心里一直惦记着他们，每次回家总会约着吃个饭聊聊天。其实，无论是不是同学还是朋友，能遇到一个知心的不容易，希望所有人都能珍惜眼前人。
至于题主说的情况，我觉得你可以先跟她沟通一下，看看她的想法，因为每个人都有选择朋友的权利，如果她觉得跟你合不来，自然就不会搭理你，甚至做不了朋友；但如果她觉得你们可以做朋友，那你们就可以进一步发展，做更深层次的朋友。
个人建议，不必把过去的事放在心上，时间会冲淡一切。顺其自然就好！